一经济性原因。主要表现在，一方面农村经济结构调整的步伐相对较慢，税收贡献率较低。从产业内部结构来看，种植业仍然占有一定的优势，乡镇企业困难重重，负担较多，抗御市场风险的能力弱，对财政的贡献处于起伏不定的状态。另一方面，经济运行的质量较差，产值虽大，财政收入偏小。
二职能不健全。乡镇财政在实际运行的过程中，基本上只有两大任务，一是保证基本的工资和基本的经费发放，成为政府的出纳，成为财政分配的一个“中转站”；二是收税，征收农业四税实际上已经成为乡镇财政工作的主要任务，这样就不可避免地带来三大缺陷：一是收入缺乏主动性，财政部门组织的“四税”缺乏增长弹性，逐年减少，预算外收入长期分散“经营”。二是支出缺乏预见性。乡镇财政大部分是“吃饭”财政，有的甚至是“吃饭”难保，加之很多增支到乡镇一级已经“落实到底”，缺少分担和“转嫁”的渠道，因而，乡镇财政现状不可避免地靠“欠帐”、“负债”而负重运行。三是监督缺乏约束性。乡镇财政的监督职能不到位，财税机构分设、监督机制不顺。
三体制难“过渡”。目前乡镇财政体制基本上是过渡式、渐进式和“双轨”型的财政体制。这种体制，反映在收入上增值税75％，消费税全部划为中央收入，农业税和地方工商业税留给地方。由于地方工商各税零星分散、征收成本大，而以前较稳定的农业税却逐渐取消，地方税收呈现逐步下滑的趋势。同时，不区别乡镇的经济情况，在划分收支范围上一律实行一种模式，体制上造成了“苦乐不匀”。乡镇作为基层一级政权，承担大量的事务，而乡镇财政的财权却显得相对单薄。
四人员包袱过重。仅工资性支出和公用经费支出两项就占乡镇财政总支出的大头，有的甚至连这两项也难保。
五、关系难理顺。目前在基层，一是达标升级工程多，花样翻新，乡镇财政不得已负债上项目，背上沉重的债务包袱。二是乡镇领导换届频繁，部分干部急于出政绩，上项目、搞建设，使乡镇财政不断加重。同时，在财政负担的运行中部门关系很难协调，国税“一条编”，地税“小垂直”，财政是“一级财政”，财税“两张皮”。